Depuis la disparition de son père, Asuna, une jeune écolière, a pris pour habitude de s’isoler dans les collines. Sur la route menant à son refuge secret, elle est attaquée par un monstre gigantesque et sauvée par Shun, un garçon à l’allure héroïque. Avant de disparaître, ce dernier lui a dit venir d’un monde oublié appelé Agartha.

Hiver 1820. Le baleinier Essex quitte la Nouvelle-Angleterre et met le cap sur le Pacifique . Il est alors attaqué par une baleine gigantesque qui provoque le naufrage de l'embarcation.

1935, pendant la Grande Dépression, au Kansas. À l’enterrement de sa mère, la jeune Addie, âgée de 9 ans, fait la rencontre de Moses Pray, petit filou de grand chemin, qui a jadis connu sa mère. Presque malgré lui, Moses accepte d’escorter la jeune Addie jusqu’au domicile de sa tante, dans l’État du Missouri voisin.